农业工程， 作为一门技术， 有着久远的发展历史。 中国古代为了促进农业生产， 特别是粮食生产， 就不断地进行农业工程的应用．主要是农具和农田水利的应用。 蔬菜阳畦， 水利及风力没施， 农村住房建筑等也都是古代就有的农业工程。
自周秦以来， 最突出的水利工程是公元前256～前251年兴建的四川省灌县都江堰水利工程， 具有防洪， 灌排， 航运等功能， 经过修缮， 沿用至今。 仍是川西平原农业早涝保收的关键设施， 而且灌溉面积较初建时增加了1倍。 早在2000多年前修建的农业水利工程完全符合今天的农业水利工程原理。 说明早在2000多年前， 中国的农业水利工程已相当发达。
1932年由美国康乃尔大学农业工程硕士C. H. Riggs在南京金陵大学开设《农具与工艺》和《机器与动力》两门课程， 并将《农具与农艺》确定为农学院学生的必修课， 可以视为农业工程学科在中国的滋生和萌芽。
1945年美国万国农具公司向中国教育部提供奖学金， 招收20名中国研究生赴美国攻读农业工程硕士学位， 这些人基本上都在1947， 1948年或在新中国成立初期回国从事农业工程工作， 成为新中国农业工程高等教育和科学研究的骨干力量， 为中国农业工程学科的发展做出重大贡献。
新中国成立后， 毛主席提出“农业的根本出路在于机械化“和“水是农业的命脉“, 把农业机械化和水利化放在非常突出的地位。 国家需要大量从事上述工作的技术人才， 在借鉴苏联经验的基础上， 建立了农业工程学科中的农业机械化， 农业水利和农业电气化专业。 从此， 农业工程教育得以迅速倔起， 对我国农业发展起了积极的推动作用。 到1978年农业工程的各个方面都有了较大发展， 在发展农业生产， 繁荣农村经济， 保障农产品供给等方面都发挥了积极作用， 初步改变了1949年以前单纯依靠人畜力和使用简单手工工具进行农业生产的落后面貌。
1978年， 党和国家决定将工作重点转移到经济建设上来， 要实现四个现代化。 为加速农业发展， 搞农业现代化建设， 几位从事农业工程事业的老专家， 在认真研究分析国内外农业发展的经验后， 一致向国家有关领导建议建立农业工程学科。 当时的国家科委接受了这个建议， 决定成立农业工程学科组， 并将农业工程学科列为国家发展的25个新学科之一。
1978年全国科学大会的召开， 迎来了中国农业工程科学技术发展的新高潮， 1979年中国农业工程学会和中国农业工程研究设计院的成立， 其后北京农业机械化学院改名为北京农业工程大学， 一批农业大学的农业机械系相继改名为农业工程系（学院）, 标志着中国农业工程事业开始了全新的发展阶段。
1985年， 国家学位委员会在博士， 硕士研究生专业目录中将原来的农业机械化电气化一级学科改为农业工程一级学科， 当时设8个专业， 表明农业工程在中国正式成为一门学科开始了系统的研究和应用。
1997年， 国务院学位委员会和国家教育委员会联合下发的《授予博士， 硕士学位和培养研究生的学科， 专业目录》中农业工程 （0828） 作为工学 （08） 门类下的一级学科， 下设农业机械化工程 （082801） ; 农业水土工程 （082802） ; 农业生物环境与能源工程 （082803） ; 农业电气化与自动化 （082804） 。
2012年在教育部颁布的《普通高等学校本科专业目录》中， 农业工程类 （0823） 作为工学 （08） 门类下的一级学科， 下设农业工程 （082301） ; 农业机械化及其自动化 （082302） ; 农业电气化 （082303） ; 农业建筑环境与能源工程 （082304） ; 农业水利工程 （082305） 。
目前全国已有70余所高校设有农业工程类院系， 农业工程学科已形成了中专， 大专， 本科， 硕士， 博士等多层次的人才培养体系， 全国已有30所高校的农业工程类院系拥有硕士， 博士学位授予权。
